BIN210 Introduksjon i bioinformatikk

KUNNSKAPER: Studentene skal få en grunnleggende kunnskap om analyse av biologiske sekvenser i form av sammenstillinger, sekvensmodeller og fylogeni. De skal også ha grunnleggende kunnskap om analyse av data fra kvantifisering av genuttrykk og mikrobielle miljøer. De skal kunne gjengi og forklare prinsippene som metodene er bygget på.

FERDIGHETER: Det blir lagt vekt på at studentene kan håndtere vanlig brukte analyseverktøy, inkludert grunnleggende programmering i R, og forstå resultatene som de forskjellige programvarene produserer.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne anvende de vanligste bioinformatiske verktøy, samt sette seg inn i og ta i bruk andre liknende verktøy som ikke er gjennomgått i dette emnet.

Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi, koding og statistikk (BIO120/STIN100/STAT100).

Innen molekylærbiologi forventes det at studentene skal:

• Kunne beskrive oppbygningen av DNA, RNA og proteiner.
• Kjenne til det sentrale dogma, dvs. hvordan informasjon går fra gener (DNA) via transkripter (RNA) til proteiner gjennom transkripsjon og translasjon.
• Ha en grunnleggende forståelse av mutasjoner og genetisk variasjon.

Innen statistikk forventes det at studentene skal:

• Kunne utføre deskriptiv statistikk og trekke slutninger fra denne.
• Kjenne grunnleggende begreper og prinsipper innen sannsynlighetsteori med vekt på stokastiske variabler og deres egenskaper.
• Være kjent med noen vanlige sannsynlighetsfordelinger, herunder normalfordelingen, binomisk fordeling, Student’s t-fordeling..

Innen koding forventes det at studenten skal

• Ha grunnleggende ferdigheter i koding, dvs kjenne basis datatyper (tall, tekst, logiske), datastrukturer (vektorer/arrays og tabeller) og kontroll-strukturer (betingelser og løkker)

• 2 timer forelesning per uke pluss video
• 2-6 timer øvelser per uke

1 dobbelttime forelesninger per uke i rom som tar 50+ studenter. Helst mandag eller tidlig i uka.

3 dobbelttimer i BT3A.10 eller BT3A.16 per uke.

Skriftlig slutteksamen (teller 100 %).

A-F

• Forelesninger: 28 timer
• Øvelser: 56 timer
• Selvstudium: 166 timer.

Intern sensur.

Ekstern sensor godkjenner opplegg for vurdering.