BIO200 Informasjonsteknologi og bioinformatikk

Etter gjennomført emne har studenten følgende læringsutbytte definert i kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskaper:

• Kan gjøre rede for den overordnede, grunnleggende oppbyggingen og organiseringen av IKT ved medisinske laboratorier og innen helsevesenet som helhet
• Har kjennskap til informasjonsteknologi, herunder laboratorieinformasjonssystemer (LIS), mellomvareløsninger og styringssystemer for analyseinstrumenter
• Har kjennskap til lover og regler (og systemer) som sikrer pasientsikkerhet
• Kan beskrive sentrale bioinformatiske verktøy og databaser, samt forklare grunnleggende prinsipper og anvendelse av utvalgte bioinformatiske analysemetoder
• Kan gi eksempler på anvendelse av bioinformatikk innen persontilpasset medisin
• Kjenner til lover og regler som regulerer opprettelse, godkjenning og bruk av databaser innen fagområdet medisin og helse

Ferdigheter:

• Behersker grunnleggende begreper innen IKT
• Har digital kompetanse og kan anvende IKT-systemer i henhold til lover og regler om datasikkerhet og personvern
• Kan utføre grunnleggende bioinformatiske analyser
• Kan tilegne seg ny kunnskap og oppdatere seg om bioinformatiske verktøy
• Har evne til kritisk tenkning og refleksjon rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet bioinformatikk
• Kan utføre basal programmering
• Kan ta data fra forskjellige kilder, sortere, omforme, analysere, visualisere og eksportere data til videre bruk

Generell kompetanse:

• Kan utveksle synspunkter og erfaringer samt evner å oppdatere sin kunnskap gjennom informasjonsinnhenting, kontakt med fagmiljøet og yrkesfeltet
• Kan planlegge og gjennomføre bioinformatiske analyser på et datamateriale ut fra en gitt problemstilling
• Kan forholde seg kritisk til fagstoff fra ulike databaser og nettsider, samt henvise til disse som kilder

BIO170 Matematikk med dataverktøy

Alle obligatoriske læringsaktiviteter i BIO172 Statistikk, BIO173 Organisk kjemi og biokjemi og BIO174 Cellebiologi

Skriftlig hjemmeeksamen, 5 timer.

Eksamen vil bli avholdt digitalt på Wiseflow.

Tid og sted for eksamen blir opplyst på Studentweb.

Studentene må bruke egen datamaskin (PC/Mac). Programvaren som er nødvendig for å gjennomføre eksamen må være installert og testet i forkant.

Karakterskala; Bestått/Ikke bestått

Alle hjelpemiddel er tillatt. Datamaskin med tilgang til internett. Det er tillatt å benytte seg av forelesningsnotater og lærebøker.

Oppgavene skal løses individuelt og det er ikke lov å samarbeide.

Kunstig intelligens (KI) kan brukes som hjelpemiddel, men ikke til å besvare oppgavene direkte. Hvis KI blir brukt, skal dette deklareres i eksamensbesvarelsen.

Informasjonsteknologi: (20%)

• Obligatorisk deltagelse på seminar
• Individuell oppgave
• Gruppeoppgave
• E-læringskurset DigSam

Programmering og Analyseverktøyet R (30%):

• Oppmøte på datalab
• Dataøvelser / Individuelle oppgaver

Bioinformatikk (50%):

• Oppmøte på datalab
• Dataøvelser / Individuelle oppgaver

Dataøvelsene og oppgavene kan totalt leveres inn to ganger for godkjenning. Alle arbeidskravene må være gjennomført til fastsatte frister og være godkjent før eksamen kan avlegges.

Godkjente obligatoriske arbeidskrav er gyldige seks påfølgende semestre. Det arrangeres datalab kun en gang i emnet. Studenter som er fraværende, eller av andre grunner ikke får godkjent obligatoriske dataøvelser, må vente til neste gang emnet settes opp.